本发明公开的一种磁控脉冲放电高超声速进气道辅助启动流动控制方法,具体为:步骤1,首先通过数值模拟找到该高超声速进气道在加速启动过程中大规模分离区的稳定自持位置;步骤2,找到了大规模分离区的稳定自持位置以后,在进气道上壁面安置好永磁体和成对的放电电极,安置位置要满足使得永磁体与成对的放电电极电弧放电生成的等离子体在磁场的洛伦兹力作用下形成的回流区产生的分离激波入射到大规模分离区的迎风面从下到上1/3到2/3的位置处;当分离激波入射到大规模分离区的迎风面时,进气道进入启动状态。本方法解决了现有辅助启动控制技术中存在的变几何结构复杂、抽吸和放气流量损失大、加速提高来流马赫数困难的问题。