本发明公开了一种小体鲟个体鉴定的微卫星标记引物,包括10对小体鲟微卫星标记引物,10对所述标记引物的核苷酸序列为SEQ ID NO:1‑20;本发明还公开了一种小体鲟个体识别的方法,包括以下步骤:步骤1:分别取不同的小体鲟组织样品,然后提取小体鲟组织样品DNA;步骤2:利用步骤1所述的微卫星标记引物对小体鲟组织样品DNA进行PCR扩增,得到PCR扩增产物;步骤3:将所述PCR扩增产物在聚丙烯酰胺胶上进行电泳分离,再根据电泳分离结果统计PCR扩增产物的基因型;步骤4:根据所述PCR扩增产物的基因型对小体鲟进行个体识别;使用本发明的方法能有效的对小体鲟进行遗传多样性检测和个体识别。