本发明公开的一种Mueller矩阵光谱的测量系统及其测量方法,包括以下步骤:步骤1,打开电源,电源发出的光线通过光纤到达准直系统、起偏器、第一延迟器、第二延迟器、样品台、波片、检偏器、光谱仪;步骤2再改变波片的快轴方位角三次;步骤3,得到光谱仪获取的光强信号I(σ);步骤4,根据波片的快轴方位角θ1、θ2、θ3、θ4,测量对应的光谱强度,然后分别除以Sin,0(σ)/4、接着进行傅里叶逆变换,得到被测样品对应的四个呈通道化分布的干涉强度;步骤5,选择所需干涉强度做傅里叶变换可得被测样品全部16个穆勒矩阵元素光谱。本发明测量系统,结构简单,降低出读次数,减少测量时间,大幅提高测量样品Mueller矩阵光谱的速度。