本发明公开了一种空间激光通信终端的在轨自校准装置及其校准方法,包括信标光发射端、第一分光片、中继支路、分色片、光学天线、第一反射镜、信标光接收端、信号激光发射端、第二分光片、第二反射镜及信号激光接收端;将全光反射棱镜连接在光学天线上,将发射光路原路返回到自身接收系统中,对激光通信终端信标光、信号激光收发光轴相对偏差位置和偏差量进行快速自标定,无需通过地面光学通信系统和其它在轨卫星激光通信终端配合实现光轴偏差标定,并通过偏差量算法补偿的方式确保激光通信终端的快速互相定位和跟瞄,大幅降低了卫星在轨运行时激光通信终端进行调试阶段的人工、时间、难度及花费。