本发明公开了一种深埋超长高地温输水隧洞水质预测方法,具体为:首先,将深埋超长高地温输水隧洞进行概化,将隧洞视为一维,确定不同位置岩壁温度;再计算输水隧洞过水流量;根据水流连续方程、水流动量方程和温度方程结合污染物在水体中的输移转化过程,构建高地温输水隧洞一维水质预测模型;确定高地温输水隧洞一维水质模型边界条件,最后采用有限体积法求解高地温输水隧洞一维水质模型。本发明的预测方法能评估各不同输水工况下温度场对水质的影响结果,将为基于深埋超长高地温输水隧洞的调水工程水质安全管理提供可靠的理论依据和方法。