本发明公开了一种电磁脉冲干扰测试方法及系统；该方法包括：利用传输线脉冲测试设备，以第一初始电压和第一电压步进，向第一数字电路输入电磁脉冲，并监测第一数字电路的泄漏电流；当第一数字电路出现泄漏电流畸变或功能异常时记录电磁脉冲的第一电压；以第二初始电压和第二电压步进，向与第一数字电路相同的第二数字电路输入电磁脉冲，并监测第二数字电路的泄漏电流；当第二数字电路出现泄漏电流畸变或功能异常时记录电磁脉冲的第二电压；若第一电压和第二电压之差小于预设阈值，将第一电压作为电磁脉冲干扰阈值；其中，第二初始电压根据第一电上下浮动而得，第二电压步进小于第一电压步进。本发明可以降低电磁脉冲干扰测试的测试成本。
