本发明公开了一种面向APD探测器阵列的非均匀性校正电路,包括:APD阵列模块,用于根据第一输入信号进行复位后,对第二输入信号进行电流感应、整形处理得到第一数字信号;参考模块,用于根据第三输入信号进行复位后,对第四输入信号进行电流感应、整形处理得到第二数字信号;鉴相器,连接APD阵列模块、参考模块,用于比较第一、第二数字信号的相位差得到第一相位差信号、第二相位差信号;电荷泵,连接鉴相器,用于根据第一、第二相位差信号对电荷泵进行充放电得到第一处理信号。本发明将参考模块作为APD阵列模块中单光子响应速度对应的标准响应速度,使APD阵列模块的响应速度与参考模块响应速度一致,解决了传统APD探测器中APD阵列的非均匀性问题。