本发明涉及一种大视场高通量流式细胞分析系统及分析方法,该分析系统包括:照明模块,用于产生单色光;细胞样本固定控制模块,用于固定并调整细胞样本的位置,以使细胞样本位于成像视野位置处,同时控制细胞样本匀速流动;数据采集模块,用于采集单色光经过细胞样本后形成的干涉图像;控制处理模块,用于对干涉图像进行处理,得到虚拟焦距,根据虚拟焦距对干涉图像进行图像重建,得到重建图像,基于预先训练完成的细胞分割分类模型,对重建图像进行分析,得到细胞样本的分析结果。本发明的大视场高通量流式细胞分析系统,通过计算显微成像,提供大视野、无标记的细胞相位图像,样本控制部分不再受到成像视野的局限。