本发明公开了一种基于生物特征的远程身份认证系统;客户端设备采集第一原始生物特征,对其进行活体检测、预处理和特征提取,得到第一提取特征;使用特征模板保护方法将其转换为第一保护特征模板发给远程服务器存储;客户端设备向远程服务器发起用户认证请求,以使远程服务器将待认证的第二保护特征模板与第一保护特征模板进行匹配处理,从而根据匹配结果确定用户认证结果。其中,特征模板保护方法是基于随机生成的参量实现特征变换的方法;客户端设备通过变换参量,配合远程服务器实现第一保护特征模板的重新注册和第二保护特征模板的重新认证。本发明中用户的生物特征可重复使用,更换参量即可更新注册的模板,实现了生物密钥的更新。