本发明涉及一种基于自对准技术的GaN基毫米波功率器件及其制备方法,该方法包括:S1:在衬底上生长GaN基异质结;S2:在GaN基异质结上生长n+GaN帽层;S3:利用离子注入设备,在器件的两侧形成隔离区;S4:在欧姆区域的n+GaN帽层上淀积金属,形成源极和漏极;S5:在源极和漏极之外的区域淀积钝化层;S6:采用干法刻蚀工艺对栅极区域的钝化层进行刻蚀,形成凹槽;S7:采用干法刻蚀工艺对凹槽下方的n+GaN帽层进行自终止刻蚀,形成栅极凹槽;S8:在栅极凹槽侧壁淀积绝缘层,并在具有绝缘层的栅极凹槽淀积金属形成栅极。本发明的制备方法,与常规自对准工艺制备方法相比,避免了制备难度高、工艺复杂的MBE欧姆再生长环节,使得制备工艺更加简化。