本发明公开了一种基于高通量测序检测丛枝菌根真菌的引物及检测方法，包括以下步骤：以待测植物或土壤样本的基因组DNA为模板，由引物一和引物二连接高通量测序通用引物接头后进行PCR扩增，PCR扩增产物纯化后进行高通量测序，将测得的原始序列经过处理得到Cleandata序列，与具有明确注释信息的丛枝菌根真菌28SrRNA参照序列相应的区域进行Blast比对，通过设置比对的相似度和覆盖率，筛选出与参照序列具有较高相似度的序列等；
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