本发明公开了一种海底真空管道防卫系统,包括主管道、支管道、气闸站、基站、海底潜伏式导弹基地、导弹运送车辆、退役潜艇,在海底真空管道主管道沿线,每隔一定距离设置分支管道、基站和海底潜伏式导弹基地,导弹运送车辆不需要气密性客舱,导弹直接装载在车架上,导弹载具具有自动装卸功能;可用废弃/退役的潜艇,改制建设该导弹基地。本发明充分利用海底真空管道交通延伸范围广、传输速度快、自然隐蔽的特点,给出一种潜伏式海底导弹基地,跟潜艇、航母一起,形成立体化、主被动结合的海洋战略防御体系,提升领海安全保卫水平,同时为海底真空管道自身安全和抵抗侵袭提供有效防护。