本发明公开了一种基于群落构建机制的荒漠植被恢复物种配置方法，该方法包括以下步骤：结合区域植被调查及植物志获取分布在自然荒漠群落的本土待选植物种以及植物种的共存和结构状况；对获取的植物种整理及分类，构建物种名录库；构建所有植物种之间的系统发育树，并计算物种名录库中所有植物种之间的平均谱系距离；计算自然荒漠群落的净谱系亲缘关系指数；验证群落谱系结构理论预测的群落构建机制的适用性；从系统发育树中选择待配置物种，并在系统发育树上检索待配置物种之间的分化节点时间；将待配置物种之间的谱系距离与平均谱系距离进行对比，判断待配置物种之间的搭配价值。本发明能够快速判断待配置物种之间共同建植搭配的适宜性。
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