一种可嵌入轨缝的超薄真空管道交通隔离门,包括设置在两节真空管道的连接处的门室,门室包括上半部分门室和下半部分门室,上半部分门室内设有隔离门,上半部分门室上部连接有牵引电动机,牵引电动机和隔离门连接,隔离门厚度小于3mm,处于打开状态时,隔离门隐藏于下半部分门室内,隔离门上缘跟轨道上表面平齐且紧密契合;当需要关闭时,隔离门向上提升,直至对真空管道内部在相应断面处完全封闭;所述的隔离门的上下驱动或采用隔离门驱动直线电机驱动模式,本发明适应多种轨道形式,保证列车运行平稳,且结构轻型、材料消耗成本较低、便于快速开启和关闭。