本发明属于遗传育种技术领域，具体提供了一种筛选SNP分子标记的全基因组关联分析方法、SNP分子标记及应用。全基因组关联分析方法包括以下步骤：利用单性状重复力模型计算个体相关性状的育种值；将育种值与残差相加作为校正表型值，并与基因型进行关联，筛选得到与相关性状紧密连锁的SNP分子标记。本发明还通过这种方法筛选出一种影响绒山羊产绒量的SNP分子标记，该分子标记能够用于鉴定绒山羊产绒量及遗传育种。
1.一种与内蒙古绒山羊产绒量紧密相关的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，当SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列自5’端第101位的碱基为T，内蒙古绒山羊表现为高产绒量性状；当SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列自5’端第101位的碱基突变为C时，内蒙古绒山羊表现为低产绒量性状。
2.一种权利要求1所述的SNP分子标记在鉴定内蒙古绒山羊产绒量性状中的应用。
3.根据权利要求2所述的应用，其特征在于，鉴定内蒙古绒山羊产绒量性状的方法包括以下步骤： 检测内蒙古绒山羊10号染色体上的所述SNP分子标记； 当所述SNP分子标记自5’端第101位的碱基是T时，判定内蒙古绒山羊具有高产绒量性状；当所述SNP分子标记自5’端第101位的碱基是C时，判定内蒙古绒山羊具有低产绒量性状。
4.一种权利要求1所述的SNP分子标记在内蒙古绒山羊遗传育种中的应用。
5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于，利用所述分子标记自5’端第101位T→C突变进行毛长性状的选择，选留携带纯合TT基因型的个体。
6.根据权利要求5所述的应用，其特征在于，以携带纯合TT基因型的个体作为父本或者母本，来提高后代产绒量。
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